反応過程での中間体構造の同定が不完全な光合成光化学系 II (PSII) の「3D活性サイ ト」(Mn クラスター)の分子構造や電子状態の精緻化を手法班 A02 と連携して行う。

活性サイトの多機能性をもつヘムタンパク質や優れた触媒特性をもつ Mn クラスター の空間・時間変化を調べ、機能発現要素を抽出する。さらに理論班 A03 の無機・有機 触媒の反応機構と比較し、触媒での「タンパク場」の本質を浮き彫りにする。

抽出された機能発現に必要な要素をもとに、試料班A01と連携してタンパク質にこだわらず機能の本質を利用した機能性物質のデザインを行う。